日付；2024/03/24（日）
今では遺伝子発現解析やゲノム解析は、生物・医学研究を行うためには必須の解析技術となっている。さらに、近年はコンピューターの処理能力も十分に高くなっているため、一般的な解析であれば、大きなサーバーを使用せずとも、少し良いゲーミング用コンピューターでも実施可能になってきている。そういうことなので、うちでもマイクロアレイ、一般的なRNAシークエンス（バルク）やシングルセルRNAシークエンスを含む遺伝子発現解析や、ゲノムや遺伝子変異解析を解析できるコンピューターを、一般的なノートパソコンを使って立ち上げてみようと思う。ここでは、まず一番最初のステップとして、コンピューターにLinux distribution の一つで、現在では最も使用人口が多いであろうubuntuをインストールして、世間一般のコンピューターであるWindowsやMacと同等の使用感になるようにセットアップしてみたいと思う。
Ubuntu 22.04のインストール
コンピューターはマウスコンピューターのK5を使う。これは、本当はゲノム解析を勉強しようと思って購入したコンピューターなので、メモリを64GB、CPUとしてi7-10750H（6コア、12スレッド）積んでいる。当時はこれで十分とおもっていたけど、正直、シングルセルRNAシークエンスとか、バルクのRNAシークエンスだったとしてもリード数が無駄に多いライブラリとかは過負荷になると思う。特にRでの計算にかなり時間がかかるし、コンピューターが持つ熱の問題もどのくらいまで耐えることができるのか微妙である。しかし、このレベルのコンピューターでどのくらいまでの計算が出来るのか、使い倒す価値はあると思う。
ということで、まずはOSをインストールする。このあたりはLTS（Long Term Support）であれば、前バージョンの20.04で良いと思う。むしろ、20.04の方が使用人口が多いわけなので、何かトラブルに遭遇した場合、解決できる可能性が高い。しかし、このコンピューターは言わば実験台ではあるので、新しい方をインストールする。以下の画像の通り。このあたりは以前のポストも参考になるはず。ここでちょっとだけ要注意なのが、OSインストール時にスクリーンショットを撮る機能があるにも関わらず、撮ったスクリーンショットはどこにも保存されていない点である。これどこに保存されているのか、誰か教えてほしいところである。それか、何か保存を残す方法があるのだろうか。言うても追求するつもりはないが。
