- 2022年10月29日
- 2025年3月25日
Seuratのインストール
日付；2022/10/29（土）、2024/03/31（日）有料化 single cell RNA sequenceの解析を行うためには、いくつかのソフトをインストールする必要がある。自分は仕事で10xGenomicsのライブラリー作成キット（Chromium Single Cell 3′ Reagent Kits User Guide (v3.1)）を使っている関係から、もはやcel […]
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解析
- 2022年10月22日
- 2025年3月25日
Single SampleのGSEAについて（GSEAPreranked）
日付；2022/10/22（土）、2024/03/31（日）有料化、2024/06/08（土）Leading edge analysisについて追記 先日、Single Sample（N=1）のRNA-seqは意味があるのか無駄なのかを書いたが、そうは言っても、いろいろな事情によりそのような解析が必要な場合もある。それに、うまく行けばのサンプルの遺伝子発現プロファイルからそのサンプルがどのような細 […]
- 2022年9月19日
- 2025年3月25日
SRA Toolkit（sra-tools）のインストールとシークエンスリードのダウンロード
日付；2022/09/19（月）、2022/10/02（日）改定と追記、2024/03/31（日）有料化 ゲノム解析で遊ぼうと思っても、肝心なデータがない。そういう場合は、NCBI（National Center for biotechnology Information）のSRA（Sequence Read Achive）からダウンロードして使用する。 しかし、２０２１年くらいからNCBIが一部 […]
- 2022年8月28日
- 2023年1月9日
Ubuntu 20.04.4にRNA-seq用のソフト一式をインストールする
日付；2022/08/28（日） 次はUbuntu 20.04.4に、よく使うRNA-seq解析用のソフトをインストールしていく。何か追加でインストールした場合は、ここに追加で記録していくことにする。 RNA-seqのプリプロセッシング用ソフトウェア一式 基本的に、WSL2でUbuntuを入れ、そこにRNA-seqで使用するソフトウェアを入れたときとほぼ同じようにインストールできる（ここ）。まずイ […]
- 2022年8月28日
- 2023年1月9日
mouse K5にUbuntu20.04.4をインストールする
日付；2022/08/27（土） これはUbuntuを今月（２０２２年８月）に買ったmouse K5にインストールしたときの記録である。 mouse K5を開けてSSDをインストールする まず、mouse K5を開けて、Macbook Pro 13 inch early 2011のDebian9で使っていたSSDをインストールする。SSDをマウントするための金具を外さなくてはならないのが、微妙にダ […]
- 2022年8月22日
- 2023年1月9日
WSL2上のUbuntuにRNA-seq解析用のソフトをインストールする
日付；2022/08/22（月） これまでにWindows 11のWindows subsystems for Linux（wsl、バージョン2; wsl2）にUbuntu（20.04）をインストールしたので、 今回はRNA-seqの解析で、特にリードのフィルタリング、リファレンスシークエンス、マッピング、いわゆるプリプロセッシングというヤツに主に使うソフトをインストールしたいと思う。これらは既に […]
- 2022年8月21日
- 2023年1月17日
Windows 11でWindows Subsystems for Linux（WSL）を使ってUbuntuをインストールする
日付；2022/08/21（日） 今の職場で、32GBの物理メモリを積んだmouse K5というPC、そしてそれにインストールしたWIndows 11を使っている。そしてRNA-seqのデータ解析用には、fastqファイルの処理用にはmacbook pro 13 inch(early 2011)（MBP13）に入ったDebian 9を、その後の高次解析用にはRを使ってきた。しかし、このMBP13は […]
- 2021年5月31日
- 2023年1月7日
Macbook Pro 15 inch (Mid 2015)に入ったDebian 9でSTARのGenome Indexを作成する
日付；2021/05/31（月） 昨日、Macbook Pro 15 inch (Mid 2015) （MBP15）にDebian 9をインストールし、RNA-seqのプリプロセッシングに必要なソフトをインストールした。方法は過去にVirtualBox中のDebain 9にインストールしたときとほぼ同じであった。 このMBP15は、CPU intel core i7-2620M (2 cores […]
- 2021年5月13日
- 2022年4月11日
Spectral Flow Cytometerのトレーニングを受けた
日付；2021/05/12（水） 以前、CyTOFを使ってTIL（Tumor Infiltrate Lymphocyte）のプロファイリングを行うということを書いた。これはその実験の続きについて。このための予備実験中に論文の再々々改定が入り、予備実験が完全に中断していた。そして先月にその論文の再々々改定が一段落したのでCyTOFの使用に関するミーティングを行った。しかし、 Immunologica […]
- 2021年5月10日
- 2024年7月13日
VirtualBox中のDebian 9にRNA-seq用のソフトをインストールする
日付；2021/05/10（月） RNA-seq解析用PC（Dell Precision M4800）が瀕死である。前回はVirtualBoxに使い慣れたDebian 9をインストールし、さらに基本的なソフトウェアもインストールした。今日は、RNA-seq解析に用いているソフトを一通りインストールする。自分は主にpreprocessingにDebianを用いてきた。マッピング後の解析についてはMa […]