Windows11にRをインストールしたときに出る環境変数のWarningを直す
日付；2022/06/11（土）、2022/10/2（日）訂正 最近、MacはIntel以外のCPUになってしまったし、今仕事で使っているソフトウェアで必要なものは、Image J、Rくらいしかない。場合によってはたまにPythonなんかも使うが、そういうときは大体Linuxを使ってしまう。なので、職場ではWindows11のPCを買ってもらった。そして、最近Rstudioをインストールしたのたが […]
どのような発表でも研究のゴールと解析の目的をはっきり言わなければならない
日付；2022/05/31（火） この日、職場でミーティングに参加した。この日の２週間前に、Zoomによるミーティングに参加したが、この職場で開催される対面式のミーティングは、コロナウイルスでオンラインのミーティングになって以来、初めてらしい。その時に率直に思ったことを記しておこうと思う。はっきり言って、ここに書いてあることは何の役にも立たないような気がする。しかし、この日に思ったことと、ここでの […]
修士でアメリカの大学や研究機関に応募・就職する方法
日付；2022/05/29（日） 仕事から電車で帰宅する途中にふと思ったことがある。それは、単にアメリカに活動拠点を置きたいのであれば、修士を取ったタイミングでアメリカに留学出来るということだ。考えてみれば、アメリカの大きな大学で技術員やResearch Associate（RA; 研究助手）として働いている者は多くが修士だし、実際に自分もアメリカでポスドクをやっているときに3人ほどRAと一緒に働 […]
フローサイトメーターのコンペンセションについて
日付；2022/05/21（土） 今週、所属した研究室で少しずつ実験を見せてもらっていたが、そこで将来的に嫌な予感のすることに遭遇した。それはフローサイトメーターのコンペンセイション（Compensation）の方法が手動だったことである。個人的には手動によるCompensationは、出来ればやめたほうが良いと思っている。ここではその理由を述べようと思う。研究室によって異なると思うが、それでもや […]
新しい研究所での新人研修がやっと終わった
日付；2022/05/20（金） ２０２２年５月９日（月）から某研究所での活動がスタートした。そして５月２０日（金）、やっと新人研修が終了したので、その２週間くらいの間に何が起こったのか、何を考えたのかを記録しようと思う。きっと、よくわからないが、何かの役に立つだろうと思う。 オフィス（居室）での私語は禁止されているらしい。 ここは研究所である。正確に言えば、例えば、国立研究開発法人とか、そういっ […]
個人的に投稿したくないジャーナルについて
日付；2022/04/28（木） ２０２２年５月から日本での研究のキャリアを再開する。２０２２年４月末の時点ではいまいち予測できないが、おそらくこの施設では自分で研究助成金を獲得し、自分の研究は自分の責任でマネージメントすることになるだろうと思う。当然だが、得られた研究結果は、いずれ何らかのジャーナルに投稿することになるだろう。そのときのために、自分の経験から得られた個人的に絶対投稿したくないジャ […]
Rでの列の選択・削除・列を分ける・結合・名前の変更・重複した行の削除・列を新しく作る方法
日付；2022/04/25（月）Rによるデータ解析（その２） ここでは、Rを使って、データセットを整形するための方法を述べる。基礎医学・生物学で利用するデータセットはそんなに大きくないし、複雑でもない。もし何かおかしなレコードがあれば、個別に対応することも可能である。したがって、自分はここに述べるような方法で十分に実験データやTCGAの解析ができていた。これでRを使ったデータ整形はだいたいイケるの […]
Rによる表やテーブルの読み込み
日付；2022/04/24（日）Rによるデータ解析（その１） Rを使ってデータを解析するとき、必ずデータセットを読み込む必要がある。ここではその方法を述べる。言っておくが、これは基礎医学・生物学研究で基本的に行う解析のみを述べるので、他にもいくらでも方法があるし、必要とあれば別の方法を述べなくてはならない。しかし、それを言っていてはキリがないので、そういうことは述べないことにする。しかし、正直なと […]
実験データの解析はエクセルではなくRを使った方がその研究は成功する
日付；2022/04/20 （水） なぜエクセルやGraphPad Prismが今も主流なのか 基礎医学や生物学の研究者は未だマイクロソフトのエクセルを使っている者がほとんどでは無いかと思う。その理由は、これらの分野での主な実験は、ある遺伝子をノックアウトしたり、逆にその遺伝子発現を増やしたり、その結果として起こる生物学的な変化を観察したりして、その分子が関連するメカニズムを解明することであり、極 […]
ポスドクへの信頼と責任の付与と研究の継続性について
日付；2022/04/12 （火） 先月にアメリカでのポスドクを辞めて日本に戻ってきた。辞める寸前までそれまでに続けて来た研究を続け、（Prinsical Investigator；ボス）と合意したところまで実験を行ってきた。しかし、当然ながら、そんな付け焼き刃的な研究が上手いこと終了するはずもなく、確実に研究を誰かが引き継いで行うか、もしくは最悪の場合、その研究は頓挫するだろう。 ここで、研究室 […]