Rでの列の選択・削除・列を分ける・結合・名前の変更・重複した行の削除・列を新しく作る方法
日付；2022/04/25（月）Rによるデータ解析（その２） ここでは、Rを使って、データセットを整形するための方法を述べる。基礎医学・生物学で利用するデータセットはそんなに大きくないし、複雑でもない。もし何かおかしなレコードがあれば、個別に対応することも可能である。したがって、自分はここに述べるような方法で十分に実験データやTCGAの解析ができていた。これでRを使ったデータ整形はだいたいイケるの […]
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2022年
Rによる表やテーブルの読み込み
日付；2022/04/24（日）Rによるデータ解析（その１） Rを使ってデータを解析するとき、必ずデータセットを読み込む必要がある。ここではその方法を述べる。言っておくが、これは基礎医学・生物学研究で基本的に行う解析のみを述べるので、他にもいくらでも方法があるし、必要とあれば別の方法を述べなくてはならない。しかし、それを言っていてはキリがないので、そういうことは述べないことにする。しかし、正直なと […]
実験データの解析はエクセルではなくRを使った方がその研究は成功する
日付；2022/04/20 （水） なぜエクセルやGraphPad Prismが今も主流なのか 基礎医学や生物学の研究者は未だマイクロソフトのエクセルを使っている者がほとんどでは無いかと思う。その理由は、これらの分野での主な実験は、ある遺伝子をノックアウトしたり、逆にその遺伝子発現を増やしたり、その結果として起こる生物学的な変化を観察したりして、その分子が関連するメカニズムを解明することであり、極 […]
ポスドクへの信頼と責任の付与と研究の継続性について
日付；2022/04/12 （火） 先月にアメリカでのポスドクを辞めて日本に戻ってきた。辞める寸前までそれまでに続けて来た研究を続け、（Prinsical Investigator；ボス）と合意したところまで実験を行ってきた。しかし、当然ながら、そんな付け焼き刃的な研究が上手いこと終了するはずもなく、確実に研究を誰かが引き継いで行うか、もしくは最悪の場合、その研究は頓挫するだろう。 ここで、研究室 […]
アメリカのポスドクを終えて帰国した
日付；2022/04/07（木） アメリカでのポスドクは２０２２年３月２８日に終了した。なので、アメリカから日本まで引っ越しをしなくてはならない。そのときの記録を残しておく。 ３月２８日（月） この日はアメリカでの所属先最後の出勤日だった。しかし、前週の金曜日までに自分のデスクやベンチ（実験机）回りの掃除は既に済ませていたので、自分のデスクだけ整頓し、パソコン内の個人的なアカウント（Googleや […]
PIの能力と研究室の発展について
日付；2022/03/25（金） この日は実質的にアメリカでの研究室での最後の仕事の日である。この次の週の3月28日（月）にIDカード、研究室の鍵、白衣、データの入ったハードディスクを研究室に置いて、自分の机をきれいにする必要があるが、28日は昼前には実際の実験がない。 そして、その実質アメリカの研究室での最後の日のミーティングに、ちょっと気になったことがある。それは、PI（Principal I […]
学術論文のピアレビューの方法というか作法
自分のような研究者にも年に３から４本くらいインパクトファクターのついた論文のレビュー依頼が来る。しかし、なんか自分があまり大した研究者じゃあないことがバレているような気がしてくるのだが、本当に酷い論文に対するレビュー依頼しか来たことがない。言うても、こんな状態だったとしても、レビューアーの依頼を引き受けた以上はしっかりと仕事をしたいと思っている。 でも、いつも思うのだが、レビューの正しい方法っての […]
アメリカのポスドクに応募する方法
日付；2022/03/19（土）追記；2022/05/04（水） 自分はアメリカにポスドクとして留学するためのコネなどは持っていなかったが、結果としてポスドクとして留学でき、ちゃんと研究活動を行うことができた。しかし、漫然と日本の研究所で過ごしてしまったり、そもそも博士を得たばかりだったり、まだ修士課程だったり、もしかしたら、大学に勤めているひとたちに至っては、上司やメンターでさえ、まともに留学し […]
アメリカでのポスドク時にやってきたPI（ボス）を納得させる方法
日付；2022/03/12（土） 研究を進めるためにはボスを納得させる必要がある アメリカで所属した研究室のPI（Principal Investigator；自分のボス）はかなりのマイクロマネージメントで、M.D., Ph. D.で、研究について話したことを忘れがちで、サイエンスのセンスが少し欠けたような研究者だったと思う。そしてこの研究室に所属したポスドクの在籍期間は、平均的に非常に短かいとい […]
アメリカでのポスドクの応募に必要な研究業績や論文数について
必要な資質は何なんだろうか？？ 博士課程のときはアメリカ留学についてはほとんど考えていなかったが、漠然と「自分はもっと良い論文を書かなくては…」と思っていた気がする。博士課程を修了後、かつ、アメリカでのポスドクを経験する前は、自分は「日本でアメリカで通用するまでの論文を書いてからアメリカに留学した方がいい。」とか勝手に思っていた。しかし一度ポスドクとしてアメリカに留学を経験したら、その考えが超絶に […]