研究留学に関する現時点での考えと残す１年くらいの期間における目標について
日付；2021/08/16（月） アメリカでの研究期間も、残りが最大で1年2ヶ月になった。当初考えていた研究スタイルとだいぶ違うが、無事に第一著者として論文を出版することができ、最低限の成果は得たように思う。次の目標を設定する必要がある。そこで、自分にとって何が重要で、それに対する成果としてどこまで達成したのかを知るために、自分にとっての留学について一度考えてみた。 留学した理由 この留学の当初の […]
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研究
論文の出版日が決まる
日付；2021/07/31（土） 先日Nature Communicationsにアクセプトされた論文の出版日が決まった。ここでは、アクセプトから出版までのプロセスを記録しておく。 2021/07/08（木）アクセプト 一回目の投稿から約１年後、３回の改定を経てアクセプトされた。この投稿の間、レビューアーの一人が不必要に厳しかったり、共同研究者のラボのデータで鍵なく捏造に近いデータを発見してしまっ […]
Nature Portfolioへの投稿というかコントリビューション
日付；2021/07/16（木） 2021/07/15（水）に、Nature Publishing Groupから「よかったらNature Portfolioの”Behind the paper”とか言うカテゴリーのページにアクセプトされた論文に関する話をポスト（投稿）してくれよな」という旨のメールが責任著者の一人から転送されてきた。これ昔からあるのだろうか。初めて聞くが。 Behin […]
論文がアクセプトされる（その２）
日付；2021/07/10（土） この論文投稿で何が問題だったのか、今後の研究、特に論文投稿に向けた準備としてどうすれば良いのか、その教訓のようなことを記録していこうと思う。共同研究の難しさである。 この研究で起こった問題点 １．共同研究者側の共著者の一人が非協力的だった まず、第XX著者と第XXXX著者が改定中（もしかしたら投稿前かも？？）に退職しており、連絡を取ることが難しくなった。改定中、こ […]
論文がアクセプトされる（その１）
日付；2021/07/08（木） これまで投稿してきた論文がようやくアクセプトされた。論文誌はNature Communications。1回目の投稿からアクセプトまで、合計で4回も投稿し、約1年も費やしてしまった。そのうちの2回はかなり厳しいレビューアーとのディスカッションだった。そして4回目の投稿では共同研究者側の結果のデータの紛失（データが部分的にしか残っていなかったらしい。詳しくは聞いてい […]
RNA-seqやマイクロアレイの成否
日付；2021/05/05（水） RNA-seqのような網羅的な解析について気がついたことがあるので、ここに記しておく。 RNA-seqを使った解析について思うこと 10年前ならばマイクロアレイ、最近ならばRNA-seqによる遺伝子発現解析が網羅的なphenotypeの解析に用いられている。さらに今では多くのデータベースや推定手法により、解析により得られる情報は膨大になっている。現在自分が所属して […]
最近の論文投稿に必要なデータの管理方法
日付；2021/03/31（水） 現在、おそらく最後になるはずの論文原稿の改定を行っているところである（もしかしたら、この改定のあとにリジェクトなんてこともあり得るのでなんとも言えない）。レビューアーとエディターからのリクエストのうち、主に論文の図に関係してくる以下の２つについて作業を行っている。これ以外、ほとんどなにもやっていない。 結果に使用したブロットの元画像（Uncropped data） […]
レビュー依頼（２０２１年その２）
日付；2021/03/26（金） 今日、またレビューの依頼が来た。レビューの依頼が来るとまるで認められたようでちょっと嬉しくなるが、同時に粗悪研究のレビューは嫌だという憂鬱な思いも生じてくる。 今回はPubmedにもJournal Citation ReportにもDirectory of Open Access Journalにも乗っているジャーナルだ。これは自分が世話になった（と勝手に考えてい […]