研究
研究留学に関する現時点での考えと残す１年くらいの期間における目標について
日付；2021/08/16（月） アメリカでの研究期間も、残りが最大で1年2ヶ月になった。当初考えていた研究スタイルとだいぶ違うが、無事に第一著者として論文を出版することができ、最低限の成果は得たように思う。次の目標を設定する必要がある。そこで、自分にとって何が重要で、それに対する成果としてどこまで達成したのかを知るために、自分にとっての留学について一度考えてみた。 留学した理由 この留学の当初の […]
論文がアクセプトされる（その２）
日付；2021/07/10（土） この論文投稿で何が問題だったのか、今後の研究、特に論文投稿に向けた準備としてどうすれば良いのか、その教訓のようなことを記録していこうと思う。共同研究の難しさである。 この研究で起こった問題点 １．共同研究者側の共著者の一人が非協力的だった まず、第XX著者と第XXXX著者が改定中（もしかしたら投稿前かも？？）に退職しており、連絡を取ることが難しくなった。改定中、こ […]
論文がアクセプトされる（その１）
日付；2021/07/08（木） これまで投稿してきた論文がようやくアクセプトされた。論文誌はNature Communications。1回目の投稿からアクセプトまで、合計で4回も投稿し、約1年も費やしてしまった。そのうちの2回はかなり厳しいレビューアーとのディスカッションだった。そして4回目の投稿では共同研究者側の結果のデータの紛失（データが部分的にしか残っていなかったらしい。詳しくは聞いてい […]
最近うちのラボについて思うこと（その１）PIと研究室の研究能力
日付；2021/06/19（土） 昨日のミーティングでこれを強く感じてしまったので、常日頃から思っていることと合わせて記録しておこうと思う。何が言いたいかというと、生意気かもしれないが、今、ボスの、もしくはラボ全体の研究に疑問を感じているということ。すごく言い方が難しいが、研究能力自体はあるんだろうが、あまりうまいこと成り立っていないというか…例えて言うならば、Windows 10が終 […]
Spectral Flow Cytometerのトレーニングを受けた
日付；2021/05/12（水） 以前、CyTOFを使ってTIL（Tumor Infiltrate Lymphocyte）のプロファイリングを行うということを書いた。これはその実験の続きについて。このための予備実験中に論文の再々々改定が入り、予備実験が完全に中断していた。そして先月にその論文の再々々改定が一段落したのでCyTOFの使用に関するミーティングを行った。しかし、 Immunologica […]
VirtualBox中のDebian 9にRNA-seq用のソフトをインストールする
日付；2021/05/10（月） RNA-seq解析用PC（Dell Precision M4800）が瀕死である。前回はVirtualBoxに使い慣れたDebian 9をインストールし、さらに基本的なソフトウェアもインストールした。今日は、RNA-seq解析に用いているソフトを一通りインストールする。自分は主にpreprocessingにDebianを用いてきた。マッピング後の解析についてはMa […]
RNA-seqやマイクロアレイの成否
日付；2021/05/05（水） RNA-seqのような網羅的な解析について気がついたことがあるので、ここに記しておく。 RNA-seqを使った解析について思うこと 10年前ならばマイクロアレイ、最近ならばRNA-seqによる遺伝子発現解析が網羅的なphenotypeの解析に用いられている。さらに今では多くのデータベースや推定手法により、解析により得られる情報は膨大になっている。現在自分が所属して […]
電子天秤をぶっ壊した
2021/04/21（水） この日、もう勘弁してほしいと思わせてくれることが起きた。 タイトル通り、現ボスが電子天秤をぶっ壊した。これで薬剤の量とかを測っていたので、マジで面倒くさい。特に現所属のラボは、動物実験に使う試薬を、使う分だけその直前に測定してバイアルから採ってから使用する、ということをやっている。この時点で、あれっと思うが。なので、電子天秤が壊れることは結構なダメージである。それに加え […]
ブロッキングに用いるスキムミルクとBSA
日付；2021/04/06（火） 先週に細胞の準備が整い、現在行っている論文を改訂するためのウェスタンブロットが先週の金曜日から始まっている。このウェスタン、どうも結果に差がないように思うのだが、どうなんだろうか。そもそも、二回目のレビューアーからの要求は、すでにそのときの実験で解決してあり、今回は「実はこうしてほしかった。」という感じの要求なので、いくらでも「前回までの要求にはすでに答えている。 […]