基礎医学生物学研究者のブログ

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解析

Ubuntu 20.04.4にRNA-seq用のソフト一式をインストールする

日付；2022/08/28（日） 次はUbuntu 20.04.4に、よく使うRNA-seq解析用のソフトをインストールしていく。何か追加でインストールした場合は、ここに追加で記録していくことにする。 RNA-seqのプリプロセッシング用ソフトウェア一式 基本的に、WSL2でUbuntuを入れ、そこにRNA-seqで使用するソフトウェアを入れたときとほぼ同じようにインストールできる（ここ）。まずイ […]

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mouse K5にUbuntu20.04.4をインストールする

日付；2022/08/27（土） これはUbuntuを今月（２０２２年８月）に買ったmouse K5にインストールしたときの記録である。 mouse K5を開けてSSDをインストールする まず、mouse K5を開けて、Macbook Pro 13 inch early 2011のDebian9で使っていたSSDをインストールする。SSDをマウントするための金具を外さなくてはならないのが、微妙にダ […]

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WSL2上のUbuntuにRNA-seq解析用のソフトをインストールする

日付；2022/08/22（月） これまでにWindows 11のWindows subsystems for Linux（wsl、バージョン2; wsl2）にUbuntu（20.04）をインストールしたので、 今回はRNA-seqの解析で、特にリードのフィルタリング、リファレンスシークエンス、マッピング、いわゆるプリプロセッシングというヤツに主に使うソフトをインストールしたいと思う。これらは既に […]

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Windows 11でWindows Subsystems for Linux（WSL）を使ってUbuntuをインストールする

日付；2022/08/21（日） 今の職場で、32GBの物理メモリを積んだmouse K5というPC、そしてそれにインストールしたWIndows 11を使っている。そしてRNA-seqのデータ解析用には、fastqファイルの処理用にはmacbook pro 13 inch(early 2011)（MBP13）に入ったDebian 9を、その後の高次解析用にはRを使ってきた。しかし、このMBP13は […]

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Spectral Flow Cytometerのトレーニングを受けた

日付；2021/05/12（水） 以前、CyTOFを使ってTIL（Tumor Infiltrate Lymphocyte）のプロファイリングを行うということを書いた。これはその実験の続きについて。このための予備実験中に論文の再々々改定が入り、予備実験が完全に中断していた。そして先月にその論文の再々々改定が一段落したのでCyTOFの使用に関するミーティングを行った。しかし、 Immunologica […]

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VirtualBox中のDebian 9にRNA-seq用のソフトをインストールする

日付；2021/05/10（月） RNA-seq解析用PC（Dell Precision M4800）が瀕死である。前回はVirtualBoxに使い慣れたDebian 9をインストールし、さらに基本的なソフトウェアもインストールした。今日は、RNA-seq解析に用いているソフトを一通りインストールする。自分は主にpreprocessingにDebianを用いてきた。マッピング後の解析についてはMa […]

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ブロッキングに用いるスキムミルクとBSA

日付；2021/04/06（火） 先週に細胞の準備が整い、現在行っている論文を改訂するためのウェスタンブロットが先週の金曜日から始まっている。このウェスタン、どうも結果に差がないように思うのだが、どうなんだろうか。そもそも、二回目のレビューアーからの要求は、すでにそのときの実験で解決してあり、今回は「実はこうしてほしかった。」という感じの要求なので、いくらでも「前回までの要求にはすでに答えている。 […]

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腫瘍浸潤リンパ球のエンリッチメント

論文の再々投稿が終わったので、久しぶりに実験が前に進んだ。今日、レビューアーにまた送られたらしい。投稿とか何も知らないResearch Associateが「おめでとう！！」みたいに言ってきたけど、全く喜べず、「今からが大変なんだけどな。」と思ってしまった。 言うても、研究が進んだとはいえ、予備実験なので実質的に研究が進展した訳ではない。マウスに移植したマウス乳がん腫瘍を摘出して、それをシングルセ […]

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