基礎医学生物学研究者のブログ

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Kats

研究 NO IMAGE

再々々改定

日付；2021/07/03（土） 今週の木曜日（2021/07/01）にようやく論文の再投稿が完了した。これで投稿が４回目。もうエディターから出版に向けた要求が来ているので、おそらくこれで、言うてもとても大きな問題もあったので、良くも悪くもこの投稿は終了になると思う。１回目の投稿からほとんど１年が経過している。こんなにストレスな投稿も初めてだ。 まず今回の改定の難点を述べる。 レフェリーからの要求 […]

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研究

最近うちのラボについて思うこと（その１）PIと研究室の研究能力

日付；2021/06/19（土） 昨日のミーティングでこれを強く感じてしまったので、常日頃から思っていることと合わせて記録しておこうと思う。何が言いたいかというと、生意気かもしれないが、今、ボスの、もしくはラボ全体の研究に疑問を感じているということ。すごく言い方が難しいが、研究能力自体はあるんだろうが、あまりうまいこと成り立っていないというか…例えて言うならば、Windows 10が終 […]

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コンピューター

Macbook Pro 13 inch (early 2011)にDebian 9をインストールしWifi（Elecom, WDC-867DU3S）のドライバーをインストールする

日付；2021/05/29（土） 背景 RNA-seq解析用として使っていたDell M480が瀕死で、たまにしか起動せず、使い物にならない。これはもう瀕死とかではなく、死亡である。それに、Maccbook Pro 13 inch (Early 2011)も徐々に老朽化してきており、macOS High Sierraからアップグレードできないという状況である。これについては、2月にWifiカードを […]

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コンピューター

PowerPoint 2016 (Office 365)をデフォルトで4:3にする

日付；2021/05/29（土） 昨日、Office 365（Office 2016）に年間サブスクリプションしたわけだが、一つ許せないことがある。これまで使ってきたOffice 2011はデフォルトのドキュメントサイズが４：３だった。すくなくとも、今投稿中の論文がアクセプトされるまではどうしても４：３を使いたい。というか。１６：９って横に長くて使いにくくないか？？と思って、調べてみたらMacbo […]

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コンピューター

論文の改定中に自分の持つパソコンの老朽化に気づきOffice 365（Office 2016）を購入する

日付；2021/05/28（金） 現在投稿中の論文の改定が大詰めで、図を仕上げているところである。仕上げているとか、すこし変な感じがする。本当ならば、投稿時にパブリケーションのクオリティーであるべきだと思うのだが、そこは共同研究での論文だけあって、共同研究者の都合もある。残っている部分は全部共同研究者の担当の部分である。これについては無事にアクセプトまで漕ぎ着けた場合に良し悪しの部分を書こうと思う […]

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解析

Spectral Flow Cytometerのトレーニングを受けた

日付；2021/05/12（水） 以前、CyTOFを使ってTIL（Tumor Infiltrate Lymphocyte）のプロファイリングを行うということを書いた。これはその実験の続きについて。このための予備実験中に論文の再々々改定が入り、予備実験が完全に中断していた。そして先月にその論文の再々々改定が一段落したのでCyTOFの使用に関するミーティングを行った。しかし、 Immunologica […]

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解析 NO IMAGE

VirtualBox中のDebian 9にRNA-seq用のソフトをインストールする

日付；2021/05/10（月） RNA-seq解析用PC（Dell Precision M4800）が瀕死である。前回はVirtualBoxに使い慣れたDebian 9をインストールし、さらに基本的なソフトウェアもインストールした。今日は、RNA-seq解析に用いているソフトを一通りインストールする。自分は主にpreprocessingにDebianを用いてきた。マッピング後の解析についてはMa […]

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研究 NO IMAGE

RNA-seqやマイクロアレイの成否

日付；2021/05/05（水） RNA-seqのような網羅的な解析について気がついたことがあるので、ここに記しておく。 RNA-seqを使った解析について思うこと 10年前ならばマイクロアレイ、最近ならばRNA-seqによる遺伝子発現解析が網羅的なphenotypeの解析に用いられている。さらに今では多くのデータベースや推定手法により、解析により得られる情報は膨大になっている。現在自分が所属して […]

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