サイトマップ
- R
- コンピューター
- Ryzen 9 9950Xで解析用コンピューターを組んだ
- SWAP領域の設定
- WindowsクライアントからOpenSSHを使ってLinuxサーバーに接続して解析する
- エクセルでドロップダウンを入力する
- macbook pro (13inch, early 2011)でのRNA-seqが遅すぎて限界なのでmouse K5を購入した
- Windows10の日本語キーボードを英語キーボードに変更する
- GoPro7用のVideo Capture Card
- Macbook Pro 13 inch(early 2011)に入ったDebian 9にBrosTrend AC1Lのドライバーをインストールする
- Macbook Pro 15inch (Mid 2015）にmacOS Big Surをインストールする
- Macbook Pro 13 inch (early 2011)にDebian 9をインストールしWifi（Elecom, WDC-867DU3S）のドライバーをインストールする
- PowerPoint 2016 (Office 365)をデフォルトで4:3にする
- 論文の改定中に自分の持つパソコンの老朽化に気づきOffice 365（Office 2016）を購入する
- VirtualBox中のDebian 9に基本的なソフトをインストールする
- VirtualBaxにDebian 9をインストールする
- Dell Precision M4800がぶっ壊れた
- Dell M4800のWifi カード破損と交換
- Macbook Pro 13 inch(Early 2011)のWifiの交換
- 出来事
- 学会
- 気になること
- 研究
- Early Warning Journal Listに選ばれている怪しい論文誌
- シングルセルRNAシークエンスのライブラリ作成はやっぱり地獄
- 科研費が採択された
- シングルセルRNAシークエンスのライブラリ調整は最強のメンタルが必要である
- 数年後は固定サンプルを使ったsingle cell RNA sequenceが主流になると思う
- Single sampleのRNA-seqに意味はあるのか
- フローサイトメーターのコンペンセションについて
- PIの能力と研究室の発展について
- 学術論文のピアレビューの方法というか作法
- アメリカのポスドクに応募する方法
- アメリカでのポスドク時にやってきたPI（ボス）を納得させる方法
- アメリカでのポスドクの応募に必要な研究業績や論文数について
- 論文のレビュー依頼を受けた（２０２２年その１）
- ポスドクがすぐ辞める研究室の特徴
- アメリカにおけるポスドクのための研究室の選び方
- なぜ論文のインパクトファクターは高い方が良いのか
- アメリカでのポスドクを辞める理由
- 医者以外のポスドクの研究テーマ選び
- アメリカにポスドクとして留学することを決めた理由
- Scientific Reportsの個人的な評価
- ポスドクまた辞める
- 最近うちのラボについて思うこと（その３）論文抄読会がないことの弊害
- 最近うちのラボについて思うこと（その２）無頓着と自分勝手ゆえの物品切れ
- Reviwerの依頼を受けた
- 研究留学に関する現時点での考えと残す１年くらいの期間における目標について
- 論文が出版される
- 論文の出版日が決まる
- Nature Portfolioへの投稿というかコントリビューション
- 論文がアクセプトされる（その２）
- 論文がアクセプトされる（その１）
- 再々々改定
- 最近うちのラボについて思うこと（その１）PIと研究室の研究能力
- RNA-seqやマイクロアレイの成否
- 最近の論文投稿に必要なデータの管理方法
- レビュー依頼（２０２１年その２）
- PI（ボス）について思うこと（その２）
- 再々々改定
- PI（ボス）について思うこと（その１）
- どうかと思うグラント申請
- クオリティーが低すぎる論文のレビュー依頼を受けた
- 動物実験ひとまず終了
- 脱エクセル
- 論文の再々投稿が終了
- レビューアーの要求がおかしい
- アカデミック研究者の勤務時間
- 論文の再々投稿で焦りすぎ
- 医学生物学者のエセ統計解析について
- 修士保持者の研究能力について
- グラントに落ちたらしい
- 実験ノートについて
- 考えたこと
- 創薬ベンチャーに就職して1か月が経った
- アカデミックから創薬ベンチャーに移った理由
- ChatGPTを大学や研究所でレポート作成・論文作成・助成金申請に使う前に知っておくべきこと
- MDPIやFrontiersは商用誌と同類と考えれば誰も損しない
- 最近のMDPI は限りなくハゲタカジャーナルだと思う
- Frontiersはこれまでのハゲタカジャーナルの定義からは外れそうだが信頼できなそうなので原著論文を出す場合は要注意だと思う
- シングルセルRNAシークエンスの外注で日本の科学技術の衰退が半端ではないことを思い知る
- どのような発表でも研究のゴールと解析の目的をはっきり言わなければならない
- 修士でアメリカの大学や研究機関に応募・就職する方法
- 個人的に投稿したくないジャーナルについて
- ポスドクへの信頼と責任の付与と研究の継続性について
- ニューヨークで研究（生活）することの欠点
- ニューヨークで研究（生活）することの利点
- 研究留学でやるべきことは研究業績を残すことと観光である
- 日本の体質
- 解析
- pdc-clientを使ってCPTACの公開データをダウンロードする
- gdc-clientを使ってTCGAの公開データをダウンロードする
- RによるssGSEA（single sample Gene Set Enrichment Analysis）とその方法
- GSEA（Gene Set Enrichment Analysis)の手順と結果の見方
- RNAシークエンス解析関連のおすすめライブラリ
- シングルセルRNAシークエンス解析で使用するおすすめRライブラリ
- Githubの使い方
- シングルセルRNAシークエンスで使用するPythonパッケージをインストールする
- Seurat v.5をインストールする
- 遺伝子発現解析・ゲノム解析の環境を立ち上げるためUbuntu 22.04をノートパソコンにインストールする
- How to install STREAM for trajectory inference in single cell RNA sequence analysis
- How to fix grey color at markdwon and output area of Vidual Studio Code
- cellranger countによるfastqからカウントマトリックスの作成方法
- cellranger mkfastqでBCLファイルをFASTQファイルに変換する
- Cell Rangerとbcl2fastq2のインストール
- monocle3のインストール
- Seuratのインストール
- Single SampleのGSEAについて（GSEAPreranked）
- SRA Toolkit（sra-tools）のインストールとシークエンスリードのダウンロード
- Ubuntu 20.04.4にRNA-seq用のソフト一式をインストールする
- mouse K5にUbuntu20.04.4をインストールする
- WSL2上のUbuntuにRNA-seq解析用のソフトをインストールする
- Windows 11でWindows Subsystems for Linux（WSL）を使ってUbuntuをインストールする
- Macbook Pro 15 inch (Mid 2015)に入ったDebian 9でSTARのGenome Indexを作成する
- Spectral Flow Cytometerのトレーニングを受けた
- VirtualBox中のDebian 9にRNA-seq用のソフトをインストールする
- ブロッキングに用いるスキムミルクとBSA
- 腫瘍浸潤リンパ球のエンリッチメント
- FLASH diss.
- Publication（論文リスト）
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